W przeszłości powszechnie uważano, że koi są hodowane z karpia zwyczajnego (Cyprinus carpio). Rozległa hybrydyzacja między różnymi populacjami, w połączeniu z szeroko rozpowszechnionymi translokacjami, zatarły historyczną zoogeografię karpia i jego krewnych. Tradycyjnie karp amurski (Cyprinus rubrofuscus) uważany był za podgatunek karpia pospolitego, często pod naukową nazwą C. carpio haematopterus. Różnią się one jednak pod względem merystycznym od karpia zwyczajnego w Europie i Azji Zachodniej, co doprowadziło niedawne władze do uznania ich za odrębny gatunek, C. rubrofuscus (C. c. Haematopterus jest młodszym synonimem).
Pochodzenie Koi
Chociaż jedno badanie mitochondrialnego DNA (mtDNA) nie było w stanie znaleźć wyraźnej struktury genetycznej pasującej do populacji geograficznej (być może z powodu translokacji karpia z oddzielnych regionów), inne oparte na mtDNA, DNA mikrosatelitarnym i genomowym DNA znalazły wyraźny rozdział między populacją europejską / zachodnioazjatycką a populacją wschodnioazjatycką, z koi należącą do tej ostatniej. W związku z tym ostatnie władze zasugerowały, że przodkiem gatunku koi jest C. rubrofuscus (syn. C. c. Haematopterus) lub przynajmniej gatunek karpia wschodnioazjatyckiego zamiast C. carpio. Niezależnie od tego konieczny może być przegląd taksonomiczny karpia Cyprinus ze wschodniej i południowo-wschodniej Azji, ponieważ warianty genetyczne nie w pełni odpowiadają obecnie uznanemu wzorowi gatunków z jednym badaniem mtDNA sugerującym, że koi są zbliżone do karpia południowo-wschodniej Azji, ale niekoniecznie karpia chińskiego.