Koi są bardzo odporne.
Przy odpowiedniej pielęgnacji są odporne na wiele pasożytów, które atakują bardziej wrażliwe gatunki ryb tropikalnych, takie jak zakażenia Trichodina, Epistylis i Ichthyophthirius multifiliis. PH wody jest ważne dla utrzymania zdrowia koi. [27] Podmiany wody pomagają zmniejszyć ryzyko chorób i zapobiegają stresowi koi.
Dwa największe problemy zdrowotne wśród hodowców koi to wirus opryszczki koi (KHV) i rabio wirus Carpio, który powoduje wiosenną wiremię karpia (SVC). Żadne leczenie nie jest znane dla żadnej choroby. Niektóre farmy koi w Izraelu używają szczepionki KV3, opracowanej przez prof. M. Kotlera z Uniwersytetu Hebrajskiego w Jerozolimie i wyprodukowanej przez Kovax, w celu immunizacji ryb przeciwko KHV. Izrael jest obecnie jedynym krajem na świecie, w którym szczepiono koi przeciwko KHV. Szczepionkę wstrzykuje się rybom w wieku poniżej jednego roku i akcentuje się za pomocą światła ultrafioletowego. Szczepionka ma 90% skuteczności , a po zaszczepieniu ryba nie może ulec epidemii KHV, a immunizowana koi nie może przekazać KHV innym rybom w stawie.
Tylko środki bezpieczeństwa biologicznego, takie jak niezwłoczne wykrycie, izolacja i dezynfekcja zbiorników i sprzętu mogą zapobiec rozprzestrzenianiu się choroby i ograniczyć utratę zasobów rybnych. W 2002 roku wiosenna wiremia nawiedziła ozdobną farmę koi w Kernersville w Karolinie Północnej i wymagała całkowitego wyludnienia stawów oraz długiego okresu kwarantanny. Przez pewien czas niektórzy hodowcy koi w sąsiednich stanach przestali importować ryby z obawy przed zarażeniem własnych zasobów.